Основным методом диагностики является метод ПЦР (более чувствительный, дешевый, быстрый по сравнению с культуральным). Количественное/полуколичественное определение титров/степеней/количества микроорганизмов не имеет никакого практического применения: ни для диагностики, ни для назначения лечения, ни для контроля излеченности.
В связи с широким использованием ПЦР микоплазмы и уреаплазмы стали часто выявлять у клинически здоровых лиц в процессе профилактических осмотров и скрининговых исследований. Это явление получило соответствующие названия: микоплазмо- и уреаплазмопозитивность – наличие микроорганизмов в мочеполовой системе при отсутствии признаков воспалительного процесса.
Отсутствие жалоб со стороны обследуемого не является признаком носительства. О носительстве можно говорить только в случаях,  когда при клиническом, лабораторном и инструментальном исследованиях не выявляется патология со стороны органов мочеполовой системы.
По различным данным M.hominis выявляется у 21-53% здоровых, сексуально-активных женщин и у 2-5% мужчин; U.urealyticum выявляется у 2,5-30% сексуально-активных женщин (имеющих 2 и более партнеров в год) и у 10-20% сексуально-активных мужчин.
Позитивность бывает временная (несколько недель) и стойкая (месяцы-годы, пожизненная).

Позитивность считается фактором риска по нескольким причинам

• Инфицирование половых партнеров. Люди с позитивностью являются естественным резервуаром сохранения и размножения микоплазм/уреаплазм и инфицируют своих половых партнеров.
• Инфицирование новорожденных (при вертикальном пути передачи возможны поражения бронхолегочной системы и системной инфекции).
• Риск развития заболеваний (в любой момент времени при ослаблении  механизмов иммунитета возможно развитие воспалительного процесса).

Показаниями к лечению при наличии позитивности являются

• Наличие заболевания, связанного с микоплазмами/уреаплазмами у постоянного полового партнера (повторная реинфекция полового партнера).
• Предполагаемая смена полового партнера (эпидемиологические показания).
• Планирование беременности в ближайшее время.