Для диагностики аутоиммунных форм бесплодия рекомендуется определять антиспермальные, антиовариальные и anti-Zona Pellucidaаутоантитела.
Антиспермальные аутоантитела (АСАТ) способны препятствовать проникновению сперматозоидов в цервикальную слизь, нарушать капацитацию, акросомальную реакцию, связывание с zona pellucida, затрудняют фертилизацию, нарушают дробление и даже способствуют прерыванию беременности на ранних сроках.
Антиовариальные аутоантитела (АОА) – антитела к тканям яичника. Они же могут быть одной из причин гормональных нарушений и связанных с этим нарушений менструального цикла.
AOA находят у женщин с преждевременной яичниковой недостаточностью (ПЯН) и необъяснимым бесплодием. У женщин с АОА уменьшен ответ на стимуляцию гонадотропинами и ниже частота наступления беременности. Частота нахождения АОА у женщин с ПЯН составляет 35-69 %.  В основном встречаются IgG-антитела к ткани яичников,  антитела IgA и IgM находят только в половине положительных образцов.
Аутоантитела к Zona Pellucida – антитела к лучистой оболочке яйцеклетки. Частота присутствия аутоантител к Zona Pellucida достигает 29% для бесплодных пациенток.  У каждой десятой пациентки с эндометриозом обнаруживают анти-zona pellucida аутоантитела.
Одной из причин бесплодия, также носящей аутоиммунный характер, может являться антифосфолипидный синдром,  наличие которого приводит к спонтанным выкидышам на разных сроках беременности.